Одељење Апотеке је самостално одељење, чија је основна делатност организовање и спровођење фармацеутске здравствене заштите на Институту.
У сарадњи са другим здравственим радницима и сарадницима, Апотека обезбеђује ефикасну, безбедну и фармакоекономски оправдану терапију и промовише рационалну употребе лекова и медицинских средстава.
У Одељењу Апотеке је запослено 7 радника и то 3 дипломирана фармацеута ( 2 специјелиста фармакоинформатике) и 4 фармацеутска техничара (1 виши фармацеутски техничар).

Организациону структуру Одељења Апотеке чине два кабинета:
- Кабинет за набавку и дистрибуцију готових лекова и медицинског материјала
- Кабинет за израду магистралних препарата
Особље Апотеке активно учествује у:
- Анализи потреба, планирању и набавци лекова, медицинских средстава, лабораторијских реагенаса и дијагностичког материјала.
- Правилном пријему, складиштењу и чувању лекова и медицинских средстава под одговарајућим условима, а у складу са природом и стабилношћу датих производа.
- Издавању лекова на требовање за лагер сателитске апотеке на одељењу
- Издравању лекова по пацијенту
- Издравању лекова под посебним режимом издавања (лекови са Ц листе, лекови са опојним дрогама, нерегистровани и лекови ван листе лекова)
- Издавању медицинских средстава
- Административна обрада података и сачињавање извештаја о промету лекова и медицинских средстава на Институту
- Управљању фармацеутским отпадом
- Креирању политике рационалног коришћења лекова и медицинског материјала у болници у сарадњи са осталим здравственим радницима Института
- Пружању информација о лековима и медицинским средствима здравственим радницима Института и другим здравственим установама
- Праћењу реакције пацијената на лек и пријава нежељених реакција надлежним органима
- Консултацијама са здравственим радницима Института о правилној администрацији лека и медицинског средства
- Клиничким испитивањима и научним активностима које се спроводе на Институту
Одељење Апотеке учествује у мултидисциплинарном раду ИОРС-а, преко својих представника у стручним органима Института : Стручном савету, Етичком одбору , Комисији за унапређење квалитета рада, Стручном колегијуму, …
Фармацеути Одељења Апотеке активно учествују у раду како домаћих тако и европских стручних организација и удружења (Секција за болничку фармацију СФУС, Секција за фармакоинформатику СФУС, ЕАХП, ЕСОП, ФИП …)
