Одељење Апотеке је самостално одељење, чија је основна делатност организовање и спровођење фармацеутске здравствене заштите на Институту.

У сарадњи са другим здравственим радницима и сарадницима, Апотека обезбеђује ефикасну, безбедну и фармакоекономски оправдану терапију и промовише рационалну употребе лекова и медицинских средстава.

У Одељењу Апотеке је запослено 7 радника и то 3 дипломирана фармацеута ( 2 специјелиста фармакоинформатике) и 4 фармацеутска техничара (1 виши фармацеутски техничар).

Организациону структуру Одељења Апотеке чине два кабинета:

• Кабинет за набавку и дистрибуцију готових лекова и медицинског материјала
• Кабинет за израду магистралних препарата

Особље Апотеке активно учествује у:

• Анализи потреба, планирању и набавци лекова, медицинских средстава, лабораторијских реагенаса и дијагностичког материјала.
• Правилном пријему, складиштењу и чувању лекова и медицинских средстава под одговарајућим условима, а у складу са природом и стабилношћу датих производа.
• Издавању лекова на требовање за лагер сателитске апотеке на одељењу
• Издравању лекова по пацијенту
• Издравању лекова под посебним режимом издавања (лекови са Ц листе, лекови са опојним дрогама, нерегистровани и лекови ван листе лекова)
• Издавању медицинских средстава
• Административна обрада података и сачињавање извештаја о промету лекова и медицинских средстава на Институту
• Управљању фармацеутским отпадом
• Креирању политике рационалног коришћења лекова и медицинског материјала у болници у сарадњи са осталим здравственим радницима Института
• Пружању информација о лековима и медицинским средствима здравственим радницима Института и другим здравственим установама
• Праћењу реакције пацијената на лек и пријава нежељених реакција надлежним органима
• Консултацијама са здравственим радницима Института о правилној администрацији лека и медицинског средства
• Клиничким испитивањима и научним активностима које се спроводе на Институту

Одељење Апотеке учествује у мултидисциплинарном раду ИОРС-а, преко својих представника у стручним органима Института : Стручном савету, Етичком одбору , Комисији за унапређење квалитета рада, Стручном колегијуму, …

Фармацеути Одељења Апотеке активно учествују у раду како домаћих тако и европских стручних организација и удружења (Секција за болничку фармацију СФУС, Секција за фармакоинформатику СФУС, ЕАХП, ЕСОП, ФИП …)