U cilju efikasnog i racionalnog obavljanja delatnosti, a u skladu sa Statutom Instituta, u Institutu su obrazovane organizacione jedinice.
U sastavu organizacionih jedinica obrazovane su uže organizacione jedinice prema oblastima zdravstvene zaštite, odnosno specijalnostima iz kojih Institut obavlja zdravstvenu delatnost, što je utvrđeno Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji poslova.
Da bi se obezbedilo efikasnije funkcionisanje organizacionih jedinica i njihovo međusobno povezivanje u okviru unutrašnje organizacije Instituta kao celine, tako i svake organizacione jedinice, poslovi su utvrđeni Pravilnikom o organizaciji i sistematizaciji poslova. Personalni podaci o rukovodiocima i nosiocima poslova nalaze se i redovno se ažuriraju u Informatoru.